Las limitaciones más importantes de la citología de cérvix se derivan de la recogida y el procesamiento de las muestras y de la lectura e interpretación. La mayoría de los errores ocurren al practicar la toma. Además la presencia de sangre o inflamación puede dificultar la visión de las células. Por todo ello la sensibilidad y especificidad de la prueba son muy variables (11-99% y 14-97%, respectivamente).
